১৯৯১ সালে তিনি ইসলাম-ধর্ম প্রচারের কার্যক্রম শুরু করেন এবং আইআরএফ প্রতিষ্ঠা করেন। নায়েকের স্ত্রী, ফারহাত নায়েক, ইসলামিক রিসার্চ ফাউন্ডেশনের নারীদের শাখায় কাজ করেন। ডাঃ জাকির বলেন, তিনি আহমেদ দিদাতের দ্বারা অনুপ্রাণিত হয়েছেন, যার সাথে তিনি ১৯৮৭ সালে সাক্ষাত করেন। ডাঃ জাকিরকে অনেক সময় ‘‘দিদাত প্লাস’’ বলা হয়, এই উপাধি দিদাত নিজে দেন।

এছাড়াও তিনি মুম্বাইয়ের ইসলামিক ইন্টারন্যাশনাল স্কুল এবং ইউনাইটেড ইসলামিক এইডের প্রতিষ্ঠাতা, যা দরিদ্র ও অসহায় মুসলিম তরুণ-তরুণীদের বৃত্তি প্রদান করে থাকে। এছাড়াও ইসলামিক রিসার্চ ফাউন্ডেশনের ওয়েবসাইটে তাকে “পিস টিভি নেটওয়ার্কের পৃষ্ঠপোষক ও আদর্শিক চালিকাশক্তি” হিসেবে বর্ণনা করা হয়েছে।

ভারতীয় মিডিয়া ইন্ডিয়া টুডের বরাতে জানা যায়, অবশেষে সৌদি আরব জাকির নায়েকের নাগরিকত্ব দিয়েছেন। জাকির নায়েকের বিরুদ্ধে ইন্টারপোলে মামলা করা রয়েছে। তাকে যেন গ্রেফতার করা না হয়, সে নিশ্চয়তা দেয়ার জন্য সৌদি রাজা সালমান এই পন্থা অবলম্বন করলেন।আরও পড়ুন দিল্লির চলন্ত বাসে গণধর্ষণের শিকার 'নির্ভয়া'র ভয়াবহতাকেও হার মানিয়েছে যে নৃশংসতা

গুলসানের আর্টিজানে হামলার পর থেকে জাকির নায়েকের সাথে জঙ্গিবাদের সম্পৃক্ততা আছে বলে আকাশে-বাতাসে অনেক খবর চাউর হয়েছিল। তখন সৌদি বাদশাহের সহযোগিতা চেয়েছিলেন জাকির নায়েক। এবার সেই আবেদনের উত্তর দিল সৌদি বাদশাহ।

জাকির নায়েকের উপর বারবার আঙুল উঠলেও তাকে দোষী বলে কেউ সাব্যস্ত করতে পারেনি। ভারতীয় গোয়েন্দারা তার বিষয়ে অনেক তদন্ত করেছেন, তবে তিনি সব মামলায় নিজেকে নির্দোষ প্রমান করে চলেছেন।