৩১ জানুয়ারি রাতে স্ট্রোক করলে ঝন্টুকে রংপুরের সেন্ট্রাল ক্লিনিকে ভর্তি করা হয়। চিকিৎসকরা জানান, মস্তিষ্কে রক্তক্ষরণে ঝন্টুর বাম হাত ও পা অবশ হয়ে গেছে। পরদিন এয়ার অ্যাম্বুলেন্সে ঢাকার ল্যাব এইড হাসপাতালে আনা হয় তাকে। এরপর নেয়া হয় বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেলে।

২০১২ সালের ২০ ডিসেম্বর রংপুর সিটি করপোরেশনের নির্বাচনে মেয়র নির্বাচিত হন সরফুদ্দীন আহমেদ ঝন্টু। সবশেষ, সিটি নির্বাচনে জাতীয় পার্টির প্রার্থী মোস্তাফিজার রহমানের কাছে পরাজিত হন তিনি। এছাড়া রংপুর-১ আসন থেকে সংসদ সদস্য, রংপুর সদর উপজেলা চেয়ারম্যান এবং রংপুর পৌরসভার চেয়ারম্যান ছিলেন তিনি। ঝন্টুর মৃত্যুতে শোক জানিয়েছেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।