ক্ষমতা ছাড়ার প্রাক্কালে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা এবং প্রেসিডেন্ট সাহাবুদ্দিনের সম্পর্কের মারাত্মক অবনতি ঘটে। দুজনের মধ্যে দ্বন্দ্বের মূল কারণ ছিল সুপ্রিম কোর্টের বিচারক নিয়োগ এবং শ্রম আইন সংশোধন সম্পর্কিত দুটি গুরুত্বপূর্ণ ইস্যু। এই মতবিরোধই শেষ পর্যন্ত তাদের সম্পর্কের মধ্যে চরম টানাপোড়েন সৃষ্টি করে এবং এতে শেষমেশ সম্পর্কের অবনতি ঘটে।

প্রথা অনুযায়ী, বিদেশ সফর শেষে দেশে ফিরে প্রধানমন্ত্রী সাধারণত প্রেসিডেন্টের সঙ্গে সাক্ষাৎ করেন। তবে, চীন ও ভারত সফর থেকে ফিরে শেখ হাসিনা এই রীতিটি অনুসরণ করেননি, যার ফলে দুই রাষ্ট্রপ্রধানের মধ্যে দূরত্ব আরও বেড়ে যায়। এই অনুপস্থিত সাক্ষাৎই প্রথম ধাক্কা হিসেবে দেখা যায়, যা পরবর্তীতে সম্পর্কের অবনতির কারণ হয়ে দাঁড়ায়।

বিচারক নিয়োগের বিষয়েও মতবিরোধ দেখা দেয়। প্রধানমন্ত্রীর অফিস থেকে প্রেসিডেন্টকে পাঠানো সারসংক্ষেপে অভিযোগ ওঠে যে, প্রেসিডেন্টের সঙ্গে পরামর্শ ছাড়াই বিচারক নিয়োগের সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়েছে। ১৮ এপ্রিল, প্রেসিডেন্ট সাহাবুদ্দিন এক চিঠিতে স্পষ্টভাবে জানান যে, বিচারক নিয়োগের বিষয়ে তার সঙ্গে আলোচনা না করার প্রচলিত নিয়ম উপেক্ষা করা হয়েছে। চিঠিতে তিনি বলেন, "আমি কিছুই জানি না, অথচ আমাকেই চূড়ান্ত অনুমোদন দিতে বলা হচ্ছে। প্রচলিত নিয়মনীতি উপেক্ষা করে প্রেসিডেন্টকেই পুতুল বানানো হয়েছে।" তিনি আরও উল্লেখ করেন, "দীর্ঘদিন ধরে চলে আসা পদ্ধতি ও প্রক্রিয়া উপেক্ষা করা হয়েছে, এর অর্থ কী?"

এছাড়া, শ্রম আইন সংশোধনের বিষয়ে সঙ্গত আলোচনা ছাড়াই সারসংক্ষেপ পাঠানোর ফলে প্রেসিডেন্ট আরও ক্ষুব্ধ হন। এর ফলে বঙ্গভবন ও গণভবনের সম্পর্ক আরও তীব্র অশান্তি তৈরি হয়।

এই দ্বন্দ্বের চরম পরিণতি ঘটে ৫ আগস্ট, যখন শেখ হাসিনা ক্ষমতা এবং দেশ ছেড়ে পালিয়ে যান। এ সময় তিনি প্রেসিডেন্ট সাহাবুদ্দিনের সঙ্গে টেলিফোনেও যোগাযোগ করেননি, যা সম্পর্কের আরও অবনতির এক সুস্পষ্ট ইঙ্গিত।

সার্বিকভাবে, বিচারক নিয়োগ ও শ্রম আইন সংশোধন সংক্রান্ত মতবিরোধ, পাশাপাশি প্রথাগত সাক্ষাৎ বন্ধ হয়ে যাওয়া, দুটি রাষ্ট্রপ্রধানের মধ্যে সম্পর্কের চরম অবনতির কারণ হয়ে দাঁড়ায়।